مرکز حیوانات آزمایشگاهی در سال ۱۳۷۹ با یک اتاق پرورش موش کوچک آزمایشگاهی (موش سوری) به صورت قراردادی (Conventional) در تهران (زعفرانیه) آغاز به کار نمود. همزمان با پیشرفت دیگر بخش های پژوهشگاه رویان و افزایش نیاز پژوهشی بر روی حیوان زنده (In vivo) این بخش نیز با راه اندازی مراکز مختلف جهت نگهداری حیوانات مختلف توسعه پیدا کرد به گونه ای که با ارائه خدمات عمومی مانند نگهداری، پرورش و تولید انواع حیوان آزمایشگاهی و خدمات تخصصی شامل انجام انواع جراحی ها، خدمات پاراکلینیکی (رادیو لوژی، سونوگرافی) مدل سازی بیماری های مختلف و آموزش تخصصی دانشجویان و نظارت بر رعایت اصول اخلاقی کار بر روی حیوان آزمایشگاهی نقش بسیار مهم و کلیدی را در انجام تحقیقات بالینی در پژوهشگاه رویان بر عهده دارد. در خرداد ماه سال ۹۹ ، این مرکز موفق به اخذ گواهینامه ایزو  9001:2015 گردید و همچنین اولین ممیزی مراقبتی را نیز در تیرماه ۱۴۰۰ با موفقیت پشت سر گذراند.